遥か未来、人類文明は災害と戦争の原因で衰退し、植物が滅絶、生態環境も崩壊した。 人類最後の都市ヘブンスウィルで、人々は「浄土」の伝説を追い、城壁の周辺に集め、辛うじて生きている。 「原漿」と呼ばれる謎の液体が地下から湧き出し、町の隅々まで蔓延していた。その中から生まれた怪物が暴れ、人々が安全に暮らせる場所がどんどん縮めていた。
想像を超えた力の前に、人類は己の弱さを知り、対抗するすべもなく……町の狭間や下水道に命を伸びる、滅びを訪れる日を待つ。こんな絶境の中、「機兵」と呼ばれた少年少女たちが、ヘブン城に現れ、状況を転機をもたらした。「機兵」たちは人間と同じ姿を持ちながら、未知な技術によって生み出した新たな生命体。彼らは各自に使命を持ち、孤独で危険な旅をしている。
